El lanzamiento en Japón, con el nombre de Winning Eleven 3 fue re-lanzado en 1999 como Winning Eleven 3: Versión Final.
Esta versión salió sólo para el mercado japonés en 1999. La mayoría de cambios corresponden al apartado gráfico, como retoques en las equipos, colores menos vivos o apariencia de las porterías. Sin embargo, también se solucionan algunos errores del juego original. En las plantillas, se amplió el número a 22 jugadores y se actualizaron todos los planteles internacionales, con los futbolistas convocados para el Mundial de Francia 1998.
Los niveles de dificultad se redujeron a tres (Easy, Normal y Hard), y se puede aumentar el tiempo de juego desde cinco hasta treinta minutos. En los amistosos se podía elegir por primera vez el mismo equipo, y añadir una prórroga con penaltis o gol de oro. En el modo de juego, se mejoró la barra de potencia para disparos, con una nueva para los lanzamientos de corners, y se añadieron jugadas estratégicas como el pase de pared (L1 + X) o el pase a proyección (L1 + Triángulo). Para dar más realismo, se incluyeron repeticiones de las mejores jugadas durante el partido, siempre y cuando estas atentaran contra el arco rival, algo que en anteriores versiones sólo podía verse con los goles. Por último, se añadió un nuevo estadio muy similar al "Stade de France".
Un dato curioso es que el mejor arquero de todo el Winning Eleven 3, considerado por el creador del juego, es el danés Peter SCHMEICHEL (Revisar el manual del juego o verlo en Wikipedia "Peter Schmeichel").
En síntesis: Los principales cambios y mejoras se han centrado en las actualizaciones de gráficos en lugar de en el propio motor. Las diferencias más significativas del juego son los siguientes:
- Todo el aspecto del juego es menos vivo con el fin de aumentar el nivel de realismo.
- Algunos spots comerciales de cerca y lejos, y los porteros han sido actualizadas (incluyendo los equipos All Star y F.C.Divo).
- La aparición de los objetivos y las redes se ha cambiado.
- El Plantel se ha actualizado para reflejar exactamente a los jugadores que fueron convocados para el mundial de Francia 1998 (los escuadrones de la Copa Mundial de la FIFA); además, el número de jugadores en las alineaciones ha sido extendido a 22.
- Tres niveles de dificultad, en lugar de cinco: fácil, normal y difícil.
- La elección de la longitud de coincidencia ha sido ampliar a 30 minutos en los espacios de 5.
- En la configuración del modo Exhibición, ahora incluyen la elección de los uniformes, periodo extendido, tanda de penaltis y el gol de oro.
- Durante el modo de la Copa de las estadísticas de resultados y ayuda han sido añadidos.
- La imitación de "Stade de France", la sede de la FIFA 1998 World Cup en la final se ha añadido como un nuevo estadio.
- Las repeticiones inmediatas después de los momentos más interesantes, como lanzamientos errados, faltas o fueras de juego se han implementado durante el partido.
- Los cambios más notables durante el juego cubre el sistema mejorado de brotes y añadió barra de potencia en los saques de esquina, tiros libres y disparos a corta y larga distancia.
- Un nuevo método uno-dos de paso (pared), se añade, lo que permite el primer jugador en pasar y correr sin el segundo jugador tener que devolver la pelota inmediatamente. Este nuevo movimiento añadido, trajo mucha más variedad al juego.
- Cuando se saca al tercer equipo denominado "all star", cuyo nombre es F.C.Divo, el gamer se podrá dar cuenta que es un equipo conformado por los jugadores que no pudieron asistir al mundial de Francia 98 (por ejm, Romario, Boksic, Guardiola, Panucci, Ravanelli, Kazu Miura, Peruzzi, Ibrahim Ba, Redondo, Ricken, Gascoigne, etc.). Además, se incluye a este equipo a dos jugadores uruguayos (Montero y Siboldi).
